Для начала важно помнить:

1. Миранда должна быть закрыта. Если при попытке замены файлов будет выдавать ошибку - она может висеть в процессах - необходимо убить процесс через менеджер задач или просто перезагрузиться.
2. Обновление ядра и обновление сборки - совсем разные вещи, про обновление сборки написано на странице загрузки.
3. На всякий случай до начала изменений лучше сделать резервную копию сборки.

Процесс обновления:

1. Берем архив с новым ядром: стабильную или альфа-версию; помимо файлов ядра нужны и contrib-файлы, которые идут отдельным архивом в стабильной ветке.
2. Распаковываем архив в отдельную папку.
3. Переносим с заменой свежераспакованные miranda32.exe и zlib.dll в папку сборки “Miranda”, т.е. обычно это будет “C:\Program Files\Miranda IM Razunter’s pack\Miranda";
4. В распакованных файлах и в папке со сборкой заходим в подпапку “Plugins”;
5. Переносим совпадающие файлы - если какого-то файла в сборке нет и Вы не знаете, для чего он нужен, лучше не переносить.
6. Готово, можно запускать Миранду с новым ядром, а распакованные файлы удалить.