На примере ICQ: для этого надо в папке с плагинами сделать копию ICQ.dll, но с другим именем. Например, будут "ICQ.dll" и "ICQ2.dll".

Начиная с Miranda 0.8 один плагин-протокол может поддерживать несколько аккаунтов, но не все плагины поддерживают данный функционал. Добавлять аккаунты можно в "Учетных записях" (в меню)